Родился в г. Энгельсе. В 1958 г. Шнитке оканчивает Московскую консерваторию по классу композиции у Е. Голубева, а затем и аспирантуру. В 1961–72 гг. преподает инструментовку в консерватории.
В годы учебы и преподавания Шнитке изучал полистилистику и другие новые технические приемы композиции. Термин «полистилистика» ввел сам Шнитке, обозначив соединение разнородных стилей. Произведения с использованием этого стиля писали и до Шнитке такие композиторы, как Айвз, Малер, Шостакович, их личности и музыкальное творчество оказали свое воздействие на его становление.
Полистилистика помогала Шнитке при решении философских проблем, поднимаемых им в своих произведениях, основная из которых — человек и среда. Первым значительным произведением подобного плана стала Первая симфония, вмещающая в себя целый калейдоскоп различных стилей, жанров и направлений музыки. Также показательны Вторая и третья симфонии, Третий и Четвертый скрипичный концерт, соната для скрипки, альтовая соната, «Посвящение Паганини».
В 70-е гг. наступает период «ретро» и Шнитке пишет «Реквием» и фортепианный квинтет, посвящая их уходу из жизни родителей. В Minnesang песни миннизингеров соединены в сверхмногоголосие (52 голоса). В 1974 г. композитор создает композицию «Желтый звук». Шнитке причисляли к течению нонконформистов наряду с композиторами Губайдуллиной, Пяртом, Денисовым, Сильвестровым, и в свое время он испытал на себе давление со стороны властей.
В 1979 г. один из самых модных композиторов — А. Шнитке — избран в правление Союза композиторов Советского Союза.
В 80-е гг. древняя месса прозвучит во Второй симфонии, а в Третьей симфонии в виде коротеньких отрывков перед слушателем пройдет вся история немецкой музыки.
Образцы древнерусского певческого искусства в современном прочтении использованы во Втором струнном квартете.
Потрясающе звучит опера «История доктора Иоганна Фауста» с использованием старинного текста. Хотя композитор и отдает предпочтение инструментальным жанрам, в его творческом багаже важное место занимают вокальные и хоровые произведения: «Три стихотворения Марины Цветаевой», «Три мадригала», Концерт для хора на стихи Г. Нарекаци, «Стихи покаянные» (к 1000-летию Крещения Руси). Работая над своими произведениями, слишком близко к сердцу воспринимая поднимаемые в них проблемы, композитор в 1985 г. серьезно заболевает и даже на время оставляет композиторское творчество. Выздоровев, он пишет жизнеутверждающий Виолончельный концерт; для добавления мощности звучанию заключительная часть подзвучена электроникой.
Шнитке много приглашали для участия в кинофильмах. Его музыка к фильмам нередко использовалась самим композитором как составляющая других его произведений. Альфредом Шнитке была написана музыка более чем к 60 фильмам, таким как «Агония», «Восхождение», «Рисунки Пушкина», «Маленькие трагедии», «Стеклянная гармоника», «Мертвые души». Кроме того, им же озвучены многие театральные постановки.
С 1990 г. Шнитке с семьей переезжает в Германию, где преподает в Гамбургской консерватории. С 1991 г., несмотря на слабое здоровье, композитор продолжает активно творить до 1994 г. Стоит отметить его наиболее крупные произведения последних лет для театральной сцены: балет «Пер Гюнт», оперы «Жизнь с идиотом» и «Джезуальдо». В 1995 г. композитору Альфреду Шнитке присуждается Государственная премия Российской Федерации.
Здоровье композитора ухудшалось, он перенес три инсульта. Композитор Альфред Шнитке скончался 3 августа 1998 г. в Гамбурге, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.