Окончила Московский полиграфический институт, факультет художественного оформления книг и журналов. Иллюстрировала множество книг для детей и взрослых.
С 1961 г. член Союза художников.
Участник многих международных выставок: в Монреале (Канада), в Осаке (Япония), Нью-Дели (Индия), биеннале графики в Брно (Чехословакия) и др.
В 1989 г. состоялась ее персональная выставка в Вашингтоне, США.
В 2000 г. графический цикл «Пророки» был представлен во Франции на выставке «Единство в сердце».
Награждена международным дипломом за иллюстрации к повести Ф. М. Достоевского «Неточка Незванова» на конкурс в Лейпциге, посвященный 150-летию со дня рождения великого русского писателя. Эти работы хранятся в музее Ф. М. Достоевского в Санкт-Петербурге.
Работы Лилии Ратнер многократно экспонировались и в России. Она была участником выставки «Авангардисты на Коммунистической» (1961 г.), а также знаменитой выставки в Манеже, разгромленной Н. С. Хрущевым, за что была исключена из Союза Художников (после отставки Хрущева восстановлена).
Начала работать над графической серией «Пророки» в конце 1990-х гг. и продолжает до сих пор.
В настоящий момент работает над новой серией «Народ Библии в Освенциме».
Лилия Ратнер — автор сборника эссе об изобразительном искусстве «В поисках смысла красоты», изданного в 2008 г. Общедоступном Православным университетом, основанным прот. А. Менем, где Лилия Ратнер читала курс «Искусство и христианство».

Л. Н. Ратнер рассказывает о жизни при Сталине и Хрущеве
Лилия Ратнер. «Трапеза земная, восходящая в небо»
Лилия Ратнер. Библейское богословие красоты в трудах Оливье Клемана