Кандидат исторических наук. Работает в Центре истории религии и Церкви Института всеобщей истории РАН, преподает в светских и церковных учебных заведениях. С 1996 года А. Л. Беглов публикует документы тайных монашеских общин советского периода. Им подготовлены к изданию книги схимонахини Игнатии (Пузик) «Старчество на Руси» (1999) и «Старчество в годы гонений» (2001), сборник «Путь к совершенной жизни: О русском старчестве» (2005). А. Л. Беглов — один из авторов книги «Русская Православная Церковь. XX век» (М.: Сретенский монастырь, 2008), автор более 70 работ и публикаций в научных, популярных изданиях и в сети Интернет. В 2008 г. вышла в свет монография А. Л. Беглова «В поисках “безгрешных катакомб”. Церковное подполье в СССР». Область научных интересов: история России (СССР) XX столетия, государственно-церковные отношения в России, история Русской Православной Церкви в XIX–XX вв. и русской аскетической традиции XIX–XX вв., социальное измерение религиозности и его деформация под воздействием государственной политики.