Выдающийся историк Церкви. О нем, в частности, писали: «А. П. Лебедев по существу первый историк по времени и по достоинству Православной Восточной церкви, давший отчетливую картину исторических судеб Православного христианства». Лебедеву принадлежит восьмитомный исторический цикл охватывающий историю Церкви от древних времен до истории греческой церкви при турках — уникальный труд даже в контексте мировой церковной историографии. Занимался также и библеистикой. Докторская диссертация Лебедева посвящена истории Вселенских соборов IV и V вв. и их связи с александрийской и антиохийской школами. Работа вызвала острую полемику как в русской, так и в зарубежной печати; рецензию на нее написал Гарнак. Его часто критиковали консервативно настроенные богословы: в одном из отзывов Лебедев по своему дурному влиянию на студентов сравнивался с В. С. Соловьевым и С. Н. Трубецким.

«У проф. Лебедева, — пишет один из совр. богословов, — нет биографии в общепринятом смысле. История его жизни — это история его лекций и книг. Его внутренняя жизнь отличалась богатством содержания, но внешне выглядела однообразной и ничем не примечательной». 25 лет своей жизни Лебедев посвятил кафедре церковной истории. Хотя взгляды Лебедева часто подвергались критике и его необоснованно обвиняли в приверженности к идеям тюбингенской школы, он был одним из самых популярных профессоров МДА. К числу его учеников принадлежали такие выдающиеся церк. историки как Андреев и Глубоковский. Лебедев считал своим долгом знакомить рус. публику с зап. богосл. и церк. — историч. литературой. Он стремился преодолеть схоластич. методы исследования и подготовить почву для дальнейшего развития отечеств. богословия.

О Лебедеве в Библиологическом словаре Меня
А. П. Лебедев (1845–1908): его жизнь и научная деятельность

Статья Глубоковского