Родился в английской обеспеченной семье, в Бостоне, в графстве Линкольншир (Англия). В 16 лет поступил в колледж Брейсноуз (Оксфорд), через год перешел в оксфордский колледж святой Магдалины. Там он совершенствовал свою латынь, совмещая занятия с преподаванием. В 21 год получил степень бакалавра, и через 2 года преподавал логику в Оксфорде. Получил степень магистра. В 1545 г. подал в отставку из университета, перейдя в протестантизм и отправившись в Лондон, где стал домашним учителем детей герцога Норфолкского и был впоследствии рукоположен в диаконы англиканской церкви. В 1553 г. преследования вынудили его бежать за границу. Он возвратился в Лондон в 1559 г., после смерти Марии I и восшествия на престол Елизаветы I. В 1560 г. был рукоположен в священники, но отказался от большей части имущества и занимался в основном проповедями.
Книга, принесшая ему известность, была впервые опубликована в Англии в 1563 г. под названием «События и памятники наших последних и опасных дней». Но более известна она как «Книга мучеников». В течение многих лет ее переиздавали с дополнениями. Хотя популярность «Книги мучеников» в XIX в. снизилась, она имеет большое значение для нас сегодня, так как содержит значительную информацию об Англии XVI столетия, которую трудно получить из другого источника.
Примечательно, что Уильям Шекспир при написании пьесы «Жизнь короля Генриха VIII» (о событиях 1613 г.) использовал труд Рафаэля Холиншеда «Летопись» (1577) и «Книгу мучеников» Джона Фокса.
Фокс в течение долгого времени прятался от папской инквизиции. Так продолжалось во время правления короля Генриха VIII, в мирные дни короля Эдварда VI и до вступления на престол королевы Марии I, которая восстановила в Англии власть папы и все католические доктрины. Понимая, что жизнь на родине становится невозможной, Фокс и его семья оставляют Англию и переезжают вначале в Страсбург (Франция), затем во Франкфурт (Германия), после этого — в Базель (Швейцария). Там Фокс находит множество беженцев из Англии, оставивших страну, чтобы избежать жестокости гонителей, и там он начал работать над своей знаменитой книгой. Когда за границей стало известно об этом, многие, кто терпел гонения или же был свидетелем преследований в различных странах, включая Англию, начали присылать ему свои истории. Первое издание Фокс опубликовал на латыни в 1554 г.
Во время вспышки чумы в Англии в 1563 г., когда многие служители отказались от своих обязанностей и уехали в поисках безопасности, Фокс оставался на своем месте, помогая больным и одиноким, раздавая деньги, которые получал от богатых людей за оказываемую им помощь. Он был терпелив и великодушен и не мог отказать никому, кто просил помощи во имя Христа. Пока ему это удавалось, он пытался использовать свое влияние на королеву Елизавету, убеждая ее прекратить жестокую практику преследования тех, кто имеет противоположные ей религиозные взгляды. Королева высоко ценила его мнение и иногда называла «наш отец Фокс», но он так и не смог убедить ее прекратить гонения на пуритан, которые постоянно оказывали на нее давление, требуя реформ в Церкви Англии.
Умер Фокс в 1587 г., но еще при жизни ему удалось увидеть плоды своего труда. Его книга была издана четыре раза, Совет Епископов постановил, чтобы она была помещена во всех кафедральных церквах Англии. Как и Библия, эта книга была прикована цепью к кафедре, чтобы никакой излишне рьяный читатель не мог унести ее.
Книга приобрела большую известность и уважение в среде английских пуритан и, как считается, на несколько столетий сформировала в значительной части английского общества враждебное отношение к католической церкви.